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“三才思想”作为中国古典哲学的重要组成部分,又是中医整体观念的前身和基础,在敦煌医学文献中有着不可磨灭的印记。敦煌医方作为敦煌医学卷本中的重要组成部分之一,离不开“三才思想”的渗透。敦煌医方与三才思想的深入融合,对现代遣方用药以及临床治疗等方面具有重要的指导作用。文章从本草的分类、三焦理念以及本草的同形相类三个方面来探讨“三才思想”在敦煌医方中的体现,意在深入挖掘敦煌医学文献中内在的医学价值。