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电镜观察显示,人工感染大巴贝斯虫的黄牛红细胞有一层绒毛外衣。虫体有双梨子形,单梨子形和形状多变的滋养体。细胞质内有前,后极地环及微丝体,棒状本,线粒体和内质网,除核外还观察到一个球形体。典型的双梨子虫体可见有双生的子细胞在末端相连,维持一段时间后分离,形成单梨子形虫体。滋养体的形态是多变的。大巴贝斯虫红内期的超微结构与双芽巴贝斯虫,卵形巴贝虫相似。