HCV 3b亚型全长序列测定及基线耐药相关置换的分析

来源 :临床肝胆病杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户：jhzdw1982

【摘要】

：

目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖

【作者】

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黄杰庭许茹廖峭王敏单振刚尤庆柱戎霞付涌水

【机构】

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广州血液中心,广州市医学重点实验室（血液安全重点实验室）,韶关市第一人民医院耳鼻喉科,南方医科大学检验与生物技术学院输血医学系

【出处】

：

临床肝胆病杂志

【发表日期】

：

2020年1期

【关键词】

：

肝炎病毒属高通量核苷酸序列分析基因型 hepacivirus high-throughput nucleotide sequencing genotype

【基金项目】

：

广州市医药卫生科技项目(20161A011058),广东省医学科学技术研究基金项目(A2018499),广州市医学重点学科建设项目

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目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结

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