论文部分内容阅读
【目的】通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据，筛选肌内脂肪沉积相关基因，并对其表达特性进行分析。【方法】采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌，采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序，筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析；采用GeneCards在线查询基因功能，进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因；采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个，其中128个表达显著上调，152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目，其中生物过程24条，分子功能8条，细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明，马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著（P＜0.05;P＜0.01）,TRAF2、ACOT4和SLC27A6基因表达量差异不显著（P＞0.05）,但表达变化趋势与测序结果一致；马身猪腹部皮下脂肪组织中NR4A1和PLIN5基因表达量极显著高于背部皮下脂肪组织（P＜0.01）,而大白猪背部皮下脂肪组织中NR4A1和DUSP1基因表达量极显著高于腹部皮下脂肪组织（P＜0.01）,PLIN5基因表达量显著高于腹部皮下脂肪组织（P＜0.05）。在背部皮下脂肪组织中，NR4A1、DUSP1和PLIN5基因在大白猪中的表达量极显著高于马身猪（P＜0.01）;在腹部皮下脂肪组织中，NR4A1和DUSP1基因在大白猪中的表达量显著高于马身猪（P＜0.05）,PLIN5基因表达量在2个品种间无显著差异（P＞0.05）。体外培养的猪肌内脂肪细胞分析表明，随着成脂天数的增加，NR4A1基因表达量呈下降趋势，DUSP1和PLIN5基因表达量均呈上升趋势。【结论】本研究获得了NR4A1、DUSP1、PLIN5 3个与猪肌内脂肪沉积相关的候选基因，可为后续进一步探讨猪肌内脂肪沉积调控机制提供一定的参考。