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SARS冠状病毒3CL蛋白酶是病毒复制过程中的关键酶，有可能成为针对抗SARS药物研制的重要靶标。利用同源模建的方法建立了SARS冠状病毒3CL蛋白酶的结构模型，对于二聚体中蛋白质分子间相互作用分析表明该蛋白在溶液中有可能形成二聚体。利用分子动力学与多正则系综采样相结合的方法对于SARS冠状病毒3CL蛋白酶活性部位的两个环区进行了构象模拟，找到了两种代表性构象，预示着SARS冠状病毒3CL蛋白酶在催化过程中有可能伴随着构象变化。