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以大黄鱼为材料，探索及优化了影响荧光标记AFLP（fAFLP）分析体系的主要因素．结果表明：内切酶EcoRI与MseI各0．35U，双酶切350ng大黄鱼基因组DNA，依次反应4h可得最佳效果；T4DNA连接酶2．5U，16℃过夜连接3止酶切产物与接头时效果最佳；以1μL连接产物作底物，EcoRI与MseI预扩引物分别为0．3μmol／L与1．5μmol／L时预扩效果最佳；预扩产物稀释超过100倍作为选择性扩增的模板时致使某些样品的电泳条带缺失．使用该体系分析了一个野生大黄鱼群体的AFLP片段的多态水平，