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新疆宝塔山铅锌矿含矿地层为上白垩统铁隆滩组,赋矿岩石主要为褐铁矿化灰岩、碎裂化灰岩及灰岩碎裂岩,次为碎裂化强蚀变火山岩,围岩蚀变强烈,主要有碳酸盐化、青磐岩化等。属与构造热液有关的层控型碳酸盐岩型铅锌矿床,矿石具高Fe2O3、低K2O及Na2O〉K2O总体特征。流体包裹体化学成分研究表明,成矿流体为中高温、中低密度热液,并存在温度逐渐降低或升高、从高盐度变化为低盐度演化特点。