目的了解2014~2016年吉安市辖区内13个县市区送来的疑似手足口病例标本2 093例及临床已确诊87例确诊病例作为观察对象,分析其病原学特征,为疾病预防及控制提供参考。方法选择吉安市辖区内13个县市区送来的疑似手足口病例标本2 093例及临床已确诊87例确诊病例例作为本次观察的对象,对87例疑似手足口病患儿采用实时荧光定量PCR进行检测,并将其与实验室检查结果进行对比分析,观察实时荧光定量PCR检测的灵敏度、准确性、特异性及阳性率。结果实时荧光定量PCR检测最终的阳性率为96.55%,与实验室检查结果相比,敏感度为95.24%,特异度为75.00%,准确性为93.10%。据观察结果显示,87例疑似手足口病患儿发病时间主要集中在春夏季,男性患儿多于女性患儿,随着年龄的增长手足口病的发病率呈现逐年下降的趋势。结论吉安市辖区内13个县市区患儿手足口病病原体主要以Cox A16为主,患儿的预后较好,2015年后主要以肠道病毒为主,5岁以下的幼儿属于疾病的高发人群,应加以预防及控制。