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根据岩体中不同区域裂隙发育规模的差异分为连续区域和离散区域。在不同区域中使用不同的地下水运动数学模型，应用区域分解算法来解决这类问题。其中连续区域采用了等效连续介质模型，离散区域采用了随机裂隙网络模型，通过区域公共边界上水位和流量连续的条件将两模型耦合求解。将基于区域分解算法的耦合模型应用于锦屏水电站坝址区三维渗流场的模拟中，通过钻孔观测水位和计算水位的对比发现，该方法是有效的，能够应用于实际工程。