基于不确定PPI网络的功能模块挖掘

来源 :计算机应用研究 | 被引量 : 2次 | 上传用户:youaidu2009
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
近年来,挖掘具有生物学意义的功能模块,吸引了很多人的关注。但是,生物信息学中的蛋白质交互(PPI)网络和其他的一些生物数据常常会由于实验检测方法的局限性而呈现出不确定性。以具有不确定性的PPI数据为研究对象,挖掘蛋白质复合物。引入了一些新概念,并给出了一个深度优先算法。使用MIPS数据库评估实验结果表明,该算法在精确度和覆盖率两个方面性能优良。在基因拓扑上分析实验结果证实了所得到的大多数蛋白质复合物具有很高的相似性。最后也对算法的可扩展性进行了验证。总之,可以有效地从不确定PPI网络中挖掘出功能模块。
其他文献
为了克服MATLAB时频工具箱在计算大容量的地震数据的分频处理时,存在计算速度慢、内存不足以及FFT的计算长度严重影响时频分辨率等问题,使其适应于实际海量地震数据的时频分析。对MATLAB时频工具箱中基于离散短时傅里叶变换的时频算法进行了改进,采用Fortran语言在微机上编程实现了该算法。理论实算表明,改进后的Fortran程序能够高效地计算大容量、短时窗地震数据的分频处理。
针对认知无线电中的频谱感知问题,利用随机矩阵理论(random matrix theory,RMT)最新研究成果,提出了一种新的合作频谱感知算法(maximum-minimum eigenvalue detection,MMED)。该算法将采样协方差矩阵最大特征值与最小特征值的比值作为统计判决量,并利用最小特征值概率分布求得判决门限。理论分析与仿真结果表明,与基于最大特征值的频谱感知方法相比,MM
随着司法鉴定业务的快速增长,与鉴定活动或鉴定结果有关的质疑频出,因不满情绪而对鉴定人进行投诉、攻击甚至到鉴定机构谩骂、闹事等行为相应增多,主要原因是对鉴定当事人的
利用软硬件协同设计方法以及片上多核技术,对传统的文档解析架构进行优化,提出了基于异构片上多核的版面加速器体系架构并设计实现了图像解析硬件加速引擎。结果表明,运用该方法所设计的相应架构能够较好地满足屏幕印刷对复杂版面的显示要求。
在侏儒立方体研究的基础上,提出了一种新的能够保持语义的立方体结构。这种结构改变了侏儒立方体对聚集数据的存储方式,在保持基本立方体上卷、下钻语义的前提下,尽量地去除前缀冗余、后缀冗余,节约存储空间,保证立方体清晰的结构,并且拥有比侏儒立方体更高的存储效率和查询响应速度,对点查询和范围查询能够快速地返回结果,对大数据量情况下的稀疏立方体具有良好的支持。
快速发现制造瓶颈是实现车间调度的有效方法。借鉴面向对象的设计思想以及基于模糊数学的最大隶属度原则,提出面向产能瓶颈单元的协同调度,进一步提出产能协同调度二维表示方法,将各类资源归一化,研究并建立了产能协同调度模型。通过实证,运用面向瓶颈的优化调度方法,解决了如何在有限资源的情况下实现复杂制造系统最优化调度的问题。
实时传输协议(real-time transport protocol,RTP)用于视频数据流的实时传输和质量监测。针对可伸缩编码(scalable video coding,SVC)视频数据经过差错信道后出现质量增强层数据丢失的问题,根据RTP封装报头判断丢失的质量增强层位置,采取丢弃或拷贝补偿方法实现差错隐藏。实验结果证明了差错隐藏算法的有效性和标准兼容性。
应用线性规划方法对树型异构网格平台上任务调度重分配问题进行建模,证明了树型异构网格平台上任务调度重分配机制,并提出改进后的树型网格平台上任务重分配调度算法。该算法的思想是在子树内完成任务重分配后,要将该子树内多余的任务都传输到该子树的根节点。通过对算法进行模拟实验表明,在给定时间内,该改进算法所能调度的最大任务数优于现有算法。