科学发展观与中国特色社会主义理论体系的关系,应从指导思想和主题两个层级来考察和认识。指导思想是最高的宏观层级,主题是次高的中观层级。中国特色社会主义理论体系包括邓小平理论和三个代表重要思想与科学发展观等重大战略思想。这就是说,科学发展观等重大战略思想与邓小平理论和三个代表重要思想一样,是党的最高的宏观层级的指导思想。中国特色社会主义理论是次高的中观层级的主题,即是邓小平理论和三个代表重要思想的主题。与科学发展观对等的关系,应该是邓小平理论和三个代表重要思想。与中国特色社会主义理论对等的关系,应该是构建社会主义和谐社会理论,因其是科学发展观的主题。要搞清楚作为指导思想的科学发展观与邓小平理论和三个代表重要思想的关系,首先必须搞清楚作为主题的社会主义和谐社会理论与中国特色社会主义社会理论的关系。作为主题的社会主义和谐社会理论与中国特色社会主义社会理论的关系,是继承和发展的关系,坚持和创新的关系。这主要表现在四个方面,即创立了构建社会新主义和谐社会的新的社会变革现实目标;社会主义和谐社会的经济制度继承创新了中国特色社会主义经济制度;社会主义和谐社会政治制度继承创新了中国特色社会主义政治制度;社会主义和谐社会文化继承创新了中国特色社会主义文化。