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浮游藻类在河流生态系统中发挥着重要的生态功能.为探明乌江流域不同梯级水库中浮游藻类的种群结构特征,采集了乌江流域某水库水深分别为0,10和45 m的水样过滤膜分层样本,利用两对浮游藻类通用简并引物对水样进行23S rRNA基因扩增、扩增片段建库和高通量测序分析.通过对两对引物获得的浮游藻类种群覆盖度比较,选择出了相对高效的分子标记,获得了不同水深水体中浮游藻类群落结构组成的初步信息,为进一步深入研究乌江流域不同梯级水库中浮游藻类物种多样性提供了一种新手段.