目的:评估聚合酶链反应(PCR)技术检测通过活检或手术获取的肠道组织石蜡标本中结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)DNA在鉴别克罗恩病(Crohn disease,CD)和肠结核(intestinal tuberculosis,ITB)中的可行性及价值。方法:根据来自MTB的重复插入序列IS6110设计引物,用PCR技术检测CD与ITB肠道组织蜡块标本中MTB DNA,利用基因直接测序法验证结果,分析PCR检测结果与病理特征间的关系。结果:ITB组MTB DNA检出率为32%,CD组MTB DNA检出率为0%,MTB DNA PCR法在ITB和CD鉴别诊断中的灵敏度为32%,显著高于抗酸染色(8%)和干酪样坏死(12%)(P<0.05)。MTB DNA PCR法在ITB和CD鉴别诊断中的特异度为100%,阳性预测值为100%,阴性预测值为59.5%。MTB DNA PCR阳性率在肉芽肿或多核巨细胞病理特征的标本中存在升高趋势,但差异无统计学意义。测序结果与PCR判读的结果相符。结论:PCR法用于MTBDNA检测,有助于ITB确诊,在ITB和CD的鉴别诊断中不失为一种方便快捷的病原学诊断方法。