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莼菜的不定根生于地下茎节的两侧，呈蔟生状。解剖结构与莲藕相似，具有发达的通气腔，无机械组织的分化，莼菜地下茎匍匐于泥中，粗壮、锈褐色，能迅速伸长生长；地上茎浮生水中，多分枝，细长，绿色；二者都具有发达的通气腔和双韧维管束；但后者在未成熟时，其表皮上被有腺毛，成熟的盾叶解剖构造与莲藕相似，但未成熟叶的解剖构造特殊，下表皮上有发达的腺毛，上表皮由二层细胞构成；叶肉细胞不分化，外韧维管束。