目的研究重症手足口病病原学特征,分析肠道病毒71型(EV71)基因型特征、VP1基因变异和和分子进化特点。方法对2011—2012年西安市所有医院临床诊断为重症手足口病783例为研究对象,采集发病1周内的咽拭子或肛拭子,12 h内完成病原学检测。并对流行株EV71采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,进行14株EV71 VP1编码区扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和同源性比较及遗传进化分析。结果 783份标本中肠道病毒核酸阳性647份,阳性检出率82.63%。647份阳性结果中EV71核酸阳性占69.40%,Cox16核酸阳性占9.12%,其他肠道病毒核酸阳性占21.48%。2011年、2012年两年间病毒型别构成差异无统计学意义(χ2=0.026,P>0.05)。重症手足口病发病时间主要集中在5~8月份,共有589例(75.22%),与其他发病月份差异有显著统计学意义(P<0.01)。不同发病年龄间病毒型别构成差异有统计学意义(χ2=26.10,P<0.05)。不同地区间病毒型别构成差异有统计学意义(χ2=87.57,P<0.05)。VP1区序列比较:EV71病毒仍属于C4基因亚型。与A、B基因型差别较大,核苷酸同源性为76.2%~82.8%,氨基酸同源性为94.5%~99.3%;与C基因型C1、C2、C3和C5比较,核苷酸同源性为86.1%~88.9%,氨基酸同源性96.2%~99.3%。结论 2011—2012年西安市重症手足口病病例主要病原EV71病毒属于C4基因亚型,加强对EV71分子流行病学监测,对防止发生EV71大规模爆发与流行具有重要意义。