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磁共振波谱(MRS)能够直观定量分析组织的代谢情况。在康复领域中可用于脊髓损伤的预后判断、观察损伤后代谢变化;脑卒中后认知功能障碍评估、诊断及肌张力障碍机制研究;探索帕金森病的康复机制。在肿瘤中可用于前列腺癌和脑肿瘤的辅助诊断。除此之外,还应用于评估热射病的严重程度和预后,研究Duchenne肌营养不良症和多系统萎缩的发病机制。在动物实验中发现它可以优化实验设计方案。MRS也存在局限性,随着先进匀场算法等技术的发展将会被逐步突破。