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相比其它品种犬,德国牧羊犬倾向于发生相当频繁的问题是免疫系统缺陷综合症。该品种有许多个体带有称作IgA的一种特殊免疫球蛋白缺乏症,这个缺陷基因可能与染色体上通常控制免疫的基因非常接近。一些兽医对此类问题的出现并不很了解,忽略了涉及免疫系统的缺陷和对症治疗,导致错误的开出处方药品,或根本无法处理。因此,有必要对犬的免疫介导疾病有所了解和认识。