流式细胞术是一种对悬浮于流体中的微小颗粒进行计数和分选的生物学技术，基于流式细胞仪通过检测散射或者偶联荧光信号快速、准确、客观、高通量获得悬浮微粒（通常是细胞、细菌等微小颗粒）一系列重要的生物物理、生物化学相关特征参量，可以根据预选的参量范围对细胞、细菌等微小颗粒进行自动分析和对特定群体进行分选。流式细胞术在许多科学领域特别是生物技术和医学领域应用广泛，虽然在农业研究中的应用开始得比较晚，但目前已取得巨大进展。随着流式细胞仪性能的不断提高，标记方法和检测技术的不断开发与完善，流式细胞术的应用前景将越来越广阔，在农业领域也将发挥越来越重要的作用。介绍了流式细胞术的工作原理和流式细胞仪功能分类，综述了流式细胞术在农业研究领域中的应用，如对农作物基因组和原生质体分析以及抗逆研究，对动物免疫、微量元素分析、精子质量和性别控制以及毒素毒性分析，对病原菌和病毒分析研究等方面的应用和研究进展，展望该研究领域的发展前景，为流式细胞术在农业领域的潜在应用提供新的思考方向。