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利用203对分子标记对3个粳稻品种（日本晴、中花11、武运粳7号）和4个籼稻品种（9311、明恢63、台中1号及南京6号）进行多态性分析,筛选到92对在籼粳间存在差异的标记、34对粳稻品种间存在差异的标记及80对在籼稻品种间存在差异的标记。对部分在多个品种中存在多态性的标记进行测序,结果表明：大部分微卫星标记在不同品种间产物的大小差异是由重复序列重复次数的多少引起,而插入/缺失标记在品种间的序列差异则各有不同,如部分非重复序列的一次或多次重复、长片段的插入或缺失等。这些多态性好、扩增稳定的分子标记的开发和