长链非编码RNA TUG1在肝细胞癌中的生物信息学分析

来源 :国际检验医学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xybcn960
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴。方法利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对TUG1进行生存分析。利用RegRNA 2.0生物学软件、HMDD、targetscan、microT-CDS进行TUG1的靶基因预测,构建lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。并运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析。结果 TUG1在HCC中表达明显增高,随着肿瘤分级增高TUG1的表达呈上升趋势。lncRNA TUG1低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长。TUG1上存在hsa-mir-122-5p、hsa-mir-200a-3p、hsa-mir-34c-3p、hsa-mir-629-3p这4个与HCC相关microRNAs的可能结合位点,从而调节下游245个靶基因,形成了lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。在生物学过程中,microRNAs靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程。KEGG pathway分析中,microRNAs靶基因高度富集到Syndecan、TRAIL等介导的信号通路。结论TUG1在HCC中表达水平增高,并与不良预后有关。利用生物信息学方法,可以从分子水平探究肿瘤发生机制,可为后续实验及临床诊疗提供有价值的信息。
其他文献
为了维护动物养殖户的利益,进一步促进动物养殖行业健康发展,国家质检总局组织对配合饲料产品质量进行了国家监督抽查,共抽查了北京、河南、山西、广东、福建、湖南、湖北、江西
2003年,在家电业中一直不温不火的洗衣机,终于重新嗅到了浓烈的火药味儿,主题还是价格.但这次,率先举起价格站斧的不是人们熟悉的本土品牌,而是一向惟恐躲之不及的外国面孔.
针对高层建筑用塔式起重机采用的焊接杆件弯曲变形问题,提出了采用多辊矫直方案,方案从材料截面计算入手,进行了矫直机能力设计计算,得出了辊系的轴径、辊径和机器的矫直力、矫直
目的了解2012-2016年乐山市食品卫生现状,保障食品安全健康。方法按照整群分层采样的方法对采集样品中真菌毒素、有机污染物、食品添加剂、农药残留等项目进行检测分析。结果
《JJF-1059测量不确定度评定与表示》是计量人员在工作中测试绘出误差范围的理论基础。它给出对于测量不确定度评定应该怎样分析的方法,也给出了表示的公式。但在学习的过程中
将秘密图像隐藏在一幅基于点扩散或误差扩散的半色调图像中,实现基于点扩散和误差扩散的半色调自隐藏算法;以基于点扩散的双向共轭信息隐藏算法为基础实现基于点扩散的灰度半色调自隐藏算法,将该算法扩展到基于误差扩散的灰度半色调图像,提出基于误差扩散的灰度半色调自隐藏算法;以最新的基于点扩散和误差扩散的新共轭数据隐藏算法为基础,提出基于点扩散和误差扩散的彩色半色调自隐藏算法。将四类自隐藏算法进行实验验证,对不
针对现有基于网络编码的匿名系统,由于转发节点的不稳定性以及匿名消息的多路径转发,使得数据发送的成功率较低的问题,提出了一种基于网络编码与数据冗余方法的新匿名通信机制ACSNC(anonymous communication system based on network coding)。首先采用数据冗余机制对要发送的数据进行冗余分片,并沿多条路径发送;然后中间转发节点对信息进行随机编码后转发,使信
教学内容:人教版小学数学五年级下册第57页例1、例2。教材分析:“分数的基本性质”是在学生学习了分数的意义、分数与除法的关系、商不变性质等知识的基础上进行教学的。它在分
中国名牌战略推进委员会3月29日颁布了2005年中国名牌产品评价范围,在新增加的65类产品中,“数控冲压机床”正式被列入中国名牌产品评价目录。
千万不要小看那一袋不起眼的盐,它除了是调味品外,还有好多妙用,看了保证你受益匪浅!