【摘 要】
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目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴。方法利用UALCAN数据库分析TUG1
【机 构】
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潍坊医学院医学检验学系,济南军区总医院实验诊断科
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(81472497,81572620), 山东省自然科学基金资助项目(ZR2015HM003)
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目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴。方法利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对TUG1进行生存分析。利用RegRNA 2.0生物学软件、HMDD、targetscan、microT-CDS进行TUG1的靶基因预测,构建lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。并运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析。结果 TUG1在HCC中表达明显增高,随着肿瘤分级增高TUG1的表达呈上升趋势。lncRNA TUG1低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长。TUG1上存在hsa-mir-122-5p、hsa-mir-200a-3p、hsa-mir-34c-3p、hsa-mir-629-3p这4个与HCC相关microRNAs的可能结合位点,从而调节下游245个靶基因,形成了lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。在生物学过程中,microRNAs靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程。KEGG pathway分析中,microRNAs靶基因高度富集到Syndecan、TRAIL等介导的信号通路。结论TUG1在HCC中表达水平增高,并与不良预后有关。利用生物信息学方法,可以从分子水平探究肿瘤发生机制,可为后续实验及临床诊疗提供有价值的信息。
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