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超级稻与目前广泛种植的半矮秆水稻相比，其株型增高、稻秆增粗、穗型增大、库容增大，体内营养物质丰富，较大幅度地提高了水稻单产。但其株型结构及营养成分的变化也诱发了稻田病虫种群数量的改变，如二化螟、稻飞虱、纹枯病、稻曲病发生数量大，危害严重，特别是稻曲病已由过去水稻上的次要病害上升为主要病害，局部地区稻瘟病危害严重。