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随着新的政府会计制度全面实施,以"权责发生制"替代"收付实现制",使得基层医院需不断增强对预算管理的统筹能力.面对科室建设任务,如何将预算资金投入到专用性设备购置、科室成员岗位能力培养等,都涉及到对预算资金统筹问题.其中,主要存在着三个方面的不足.破解基层医院应用政府会计不足的对策为:制订有关科室建设的战略安排、基于科室群建设加强财务分析、完善内审与审计督查实施办法、基于产出投入多部门综合评价.