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[目的]分析福建省新型农村合作医疗(新农合)基线调查住院病例基本信息,为补偿方案测算提供依据.[方法]颁发和培训2种住院病例基线调查数据库模版(Excel与SPSS),在19个县市收集2004年和2005年206 969例数据,用SPSS软件包统计分析.[结果]乡、县及县以上3级医院平均住院费为711、2 702和9 387元,病例数分别占38.3%、48.3%和13.4%;医院级别越高住院天数越多(3.3、6.6与13.8天,平均6.1天);获得一些单病种平均住院费数据.[结论]我省2007年扩大试点时,有关县市可不再进行重复性的入户调查和基线调查;可供参考的补偿方案是(设住院率为5%):3级医院的起付线可定为100、300和800元;补偿比分别可达60%、40%和35%;封顶线均为2万元.单病种平均住院费数据可供参考.