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高技术产业创新为我国经济转型发展提供新动能,但其现存的低效率创新困局亟待破解。利用1997-2011年高技术产业面板数据,全面考察制度因素对高技术产业技术创新的影响,并就各个制度子因素对技术创新三阶段效率的贡献加以分析。结果显示,整体制度环境优化有利于创新效率提升,制度因素对不同阶段创新效率的贡献具有异质性;以企业为主体的科技创新体制对高技术产业创新效率的影响不显著,表明以企业为主体的创新体系有待进一步完善。最后提出继续深化市场化改革、优化整体制度环境、明确政府职能、真正确立企业创新主体地位等对策建议。