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内生真菌是一类新的且多样性十分丰富的菌种资源,其定殖于健康植物组织内部,不会引起宿主植物发生明显的外在感染症状,并与宿主植物形成了互利共生的种间关系。内生真菌广泛存在于药用植物体内,其产生的很多代谢产物是应用前景广阔的新型生物活性物质,具有巨大的研究和开发价值。就药用植物内生真菌产生的活性物质及其应用进行了归纳与讨论,并对药用植物内生真菌研究中存在的问题进行了总结和展望。