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于2011年枯水期和丰水期调查了九龙江的溶解氧、pH、溶解无机碳(DIC)和总碱度(TAlk),并计算水体CO2分压(pCO2)。九龙江溶解氧饱和度平均为67±18%(枯水期)和57±12%(丰水期),最低只有10%(枯水期)和35%(丰水期);pH为7.08±0.12(枯水期)和7.22±0.11(丰水期),最低只有6.88(枯水期)和6.98(丰水期);DIC为1027±620μmol/kg(枯水期)和820±340μmol/kg(丰水期);TAlk在枯水期为885±570μmol/kg,比相应DIC低140±70μmol/kg。水体TAlk受控于流域地质背景和化学风化的影响,而DIC既包含流域风化过程的产物HCO3-,也包含水柱呼吸过程和沉积物中其他生物地球化学过程释放的游离CO2。九龙江pCO2高达3470±1640μatm(枯水期)和3590±1410μatm(丰水期),超过大气平衡水平8.9~9.2倍。过饱和CO2与表观耗氧量的耦合分析表明,水柱呼吸作用只能说明九龙江高pCO2的66%~94%。