【摘 要】
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目的探讨棕尾别麻蝇(Boettcherisca peregrine)蛹3个时期转录组的差异表达,为进一步探究棕尾别麻蝇蛹各个时期转录组变化提供实验数据。方法提取棕尾别麻蝇蛹3个时期第1(MY1)
【机 构】
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贵州医科大学法医学院法医司法鉴定中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金(No.81641082);贵州省高校工程技术研究中心项目(黔科合KY字[2013]114号);贵州省现代法医司法鉴定工程研究中心(黔发改高技[2016]1345);贵州省科技厅计划基金(黔科合LH字[2016]7360)~~
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目的探讨棕尾别麻蝇(Boettcherisca peregrine)蛹3个时期转录组的差异表达,为进一步探究棕尾别麻蝇蛹各个时期转录组变化提供实验数据。方法提取棕尾别麻蝇蛹3个时期第1(MY1)、5(MY2)和10天(MY3)的蝇蛹总RNA,反转录成c DNA,并进行测序,使用软件edge R对基因差异表达进行分析,对差异基因进行GO分类统计和富集分析;对已被注释的基因单基因簇(Unigene)进行KEGG代谢通路分析;使用MISA对Unigene进行简单重复序列(SSR)检测。结果蝇蛹3个时期c DNA经基因差异表达分析,得到各时期样品基因组表达水平,共捕获38 727条Unigenes,将不同时期的蝇蛹转录组进行两两比较,其差异表达基因数介于1 263~2 430,差异基因总数为5 283。聚类图型得到MY1、MY2和MY3组的两个样品表达模式相似,聚为一支。棕尾别麻蝇蛹转录组共有8 856个Unigenes被注释,被注释到的代谢通路有336个。SSR查找发现,从8 645个Unigenes中共查找到12 146个SSR位点,占Unigene总数的22.3%。其中,单核苷酸重复所占比例最高,达到69.2%,其次是三核苷酸重复(21.0%)。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为A/T,其次是AAC/GTT、AG/GT。结论棕尾别麻蝇蛹在不同时期基因表达有显著差异。
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