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尽管高等教育理论研究形成了自己的问题域和概念体系，但存在着高等教育基本理论问题的研究还很薄弱，高等教育理论的性质还未得以明晰，以及高等教育理论研究的方法论体系还未完全形成等问题。当前需要在明晰高等教育理论性质的基础上，理性对待实证主义和后实证主义理论观、问题研究与学科建设、本土经验和外域理论以及高等教育学和其它学科之间的关系。