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随着财政拨款机制改革的逐步推进以及教育经费占财政收入4%目标的全面兑现，国家对高校的投入不断加大，财政专项资金拨款占预算总额的比例也越来越大。财政专项资金对于高校建设高起点的科研平台、高质量的教学平台和高水平的公共平台以及引进培养高层次的专门人才具有特殊重要的意义。然而，如何加强财政专项资金管理，正确处理规范用好财政资金和按期执行预算进度的问题，也成为了高校财务管理的一个重点和难点。本文从高校视角，分析了目前高校财政专项资金管理在拨款模式、拨款时间、项目配套、项目执行、项目绩效等方面存在的问题，并提出了相应的管理建议。