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为适应长江上游科技创新中心和科研成果转化基地建设的需要,通过与我国创新中心城市进行比较,基于R&D资源配置效率指标值及全国位次分布和R&D活动产出状况两个维度,对重庆市R&D资源配置效率进行研究。研究表明,重庆市R&D资源配置综合效益处于中上游水平,但部门配置效益结构失衡,区域间差距明显,规模指标值不高、名次较靠后,阻碍了R&D资源配置效率的提高。最后,针对重庆市R&D资源配置现状提出相关对策。