目的应用16S rRNA高通量测序法测定几种常用实验动物(西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠)的口腔菌群,并和人的口腔菌群进行对比分析,为口腔微生态的动物模型研究提供基础性资料。方法用一次性棉拭子采集西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠和人的口腔菌群标本,提取样品总DNA,使用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区片段,Illumina测序,经BIPES以及QIIME分析比较菌群多样性及结构。结果人与5种常用实验动物口腔菌群的丰富度均差异显著(P<0.05),不同种类动物有其各自独特的口腔菌群,但猴的口腔菌群与人最为相似。结论根据与人口腔某类菌群的相似程度,5种动物中,猴口腔的梭菌属(Fusobacterium)、卟啉菌属(Porphyromonas)水平与人最相似,提示猴可能是研究人口腔菌群较适宜的模型动物。从特定菌门角度,西藏小型猪可能是研究与变形菌门(Proteobacteria)相关疾病的较适宜模型动物;比格犬可能是研究与螺旋体门(Spirochaetes)相关疾病的较适宜模型动物。