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在用SSR标记检测小麦种子纯度时，种子混杂和SSR位点不纯都会造成株间SSR带型的差异，本文提出了SSR位点不纯的概念，并分析了存在这一现象的原因，指出这一现象普遍存在于小麦品种中。为此在检测小麦种子纯度时，需要注意区别种子混杂和SSR位点不纯，以免将SSR位点不纯造成的株间带型差异误认为是种子混杂，其原则是：（1）必须进行多个SSR位点的检测；（2）某单株的多个SSR位点的带型与被检测品种不同，可确认为混杂植株；（3）剔除混杂植株后，某单株的个别SSR位点的带型与被检测品种不同，将被认为是SSR位点不纯