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保加利亚的果树育种目标同世界许多国家一样，总体目标是：早产、丰产；果实大小适中；果肉脆或软，有香气，风味佳；果实耐贮运，抗病。如苹果，要求树体长势中等，树形矮化或圆柱形；品质优良，丰产；果实耐贮运性强，抗病性强，抗苹果黑星病、白粉病、火疫病、玫瑰蚜虫。梨，要求树体中庸或矮化，与砧木嫁接亲和力强；早熟或晚熟，贮期长；果实品质优良，早实，高产；必须抗火疫病、黑星病等。甜樱桃，果实极早熟或极晚熟；抗寒，抗晚霜，抗旱；果皮黑色，果肉硬度大；自花结实，果个大，高产，抗樱桃斑点病。