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独立学院运行机制是独立学院运行所依托的制度性结构及其构成方式。完善独立学院运行机制是办好独立学院的必然要求。当前，独立学院运行机制还存在一些问题，主要表现是决策主体错位和决策缺位、动力杠杆结构性缺失和约束缺失。这些问题之所以产生，其较深层的正式的宏观制度性根源是现实高校产权制度和高等教育管理体制存在的弊端，其较隐蔽的非正式的宏观制度性根源是现实法治观念淡薄和“高等教育准公共产品论”造成的困境。因此，完善独立学院运行机制的相关宏观制度改革，在正式制度方面主要是建立现代独立学院产权制度和主体机制互补型高等教育