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以陕西省野生丹参为材料利用正交设计对MSAP预扩增和选择性扩增体系中关键因素优化筛选,以建立适合丹参的MSAP反应体系,并用于5个野生丹参居群表观遗传多样性分析.结果表明：25μL MSAP双酶切反应体系中加入EcoRⅠ和MspⅠ各10 U,37℃酶切8 h,酶切较充分;最佳预扩增反应体系25μL,包含连接产物2.5μL,Mg2＋（25 mmol/L）1.0μL,dNTPs（2.5 mmol/L）2.0μL,Taq酶（5 U/μL）0.4μL,上下游引物E00/HM00（50ng/μL）各1.0μL;最佳