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[目的]初步建立农村稳定塘底微生物结构分析的PCR—DGGE分子生物学分析技术，并对我国南北方2个地区农村稳定塘底泥中的微生物群落进行简要分析。[方法]提取杭州、西安两地郊区农村稳定塘底泥系统内微生物的总DNA，对其16SrDNA的V3可变区进行PCR扩增，并进行变性梯度凝胶电泳（DGGE），利用软件对DGGE图像进行聚类分析。[结果]两地农村稳定塘底泥中细菌种类较为丰富，有明显而相似的优势种群。[结论]南北两地区农村稳定塘底泥微生物多样性基本相似，无明显变化。