【摘 要】
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目的对miRBase等5种microRNA(miRNA)检索引擎的功能、特点等作一比较分析。方法使用人、小鼠和大鼠3个种属及hsa-miR-92b等5种miRNA对miRBase等5种数据库的容量、检索功能特
【基金项目】
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教育部博士点基金编号(20121107110001)
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目的对miRBase等5种microRNA(miRNA)检索引擎的功能、特点等作一比较分析。方法使用人、小鼠和大鼠3个种属及hsa-miR-92b等5种miRNA对miRBase等5种数据库的容量、检索功能特点、预测准确性等方面进行检索分析。结果 miRBase的种属收录量、单一种属中miRNA的收录量都是最多的。针对5种人源miRNA的靶基因检索,RNA22和Tar-getScan的数据返回量显著小于miRBase(P<0.05),miRGen Targets的数据返回量显著多于miRBase(P<0.05),其中miRGenTarget和miRBase对APP检索结果的重合率最高。结论 miRNAbase的综合检索能力和功能设置最为全面,对不同搜索引擎的功能和检索结果进行综合分析及合理利用将有助于研究效率的提高。
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