【摘 要】
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基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义。本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-A
【机 构】
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凯里学院大健康学院,复旦大学环境科学与工程系
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(21507012,21966015),中国博士后科学基金项目(2015M570329),贵州省科学技术基金项目(黔科合基础[2019]1287号),贵州省科技厅联合基金项目(黔科合LH字[2017]7176),凯里学院博士专项基金项目(BS201412)共同资助。
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基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义。本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-A
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