我国耕地保护工作进展还不尽如人意。近年来耕地锐减和非法圈占土地搞开发区的情况依然十分严重。1997年到2002年，6年间耕地减少9542万亩，补充耕地3378万亩，净减少6164万亩，年均减少1027万亩(其中包括非农建设、生态退耕、农业结构调整和灾害损毁四方面)。到2003年底耕地已从19.5亿亩锐减到18.51亿亩。
　　近几年发生的又一轮大搞开发区的圈地热，更是来势凶猛。最新统计资料显示，我国现有开发区6015个，而国务院、省政府及有关部门批准的分别只有259个和1559个。而各类开发区的规划面积已达3.543万平方公里，超过了现有城镇建设用地总量，也超过台湾岛和海南省的面积。
　　虽然中央2003年已明令暂停审批开发区，并组织有关部委派出工作组进行整顿和查处，但从过去曾经进行过的暂停审批、整顿查处的情况看，由于查处不力，形成了占地——整顿——查处——检讨——补办手续——合法化的怪圈。因此大量的非法占地、未批先占、低补偿占地、补偿不到位占地等情况屡禁不止。温家宝总理最近针对农民失地失业问题批示：“三令五申，收效甚微，触目惊心，后患无穷”。由此可见问题的严重性。
　　耕地损失造成的危害主要表现在：降低了粮食生产能力，影响国家粮食安全。连续3年的粮食减产，耕地的减少是主要原因之一；圈占土地严重地损害了农民利益，特别是形成了一大批无地、无业、无社会保障的“三无”农民，严重地威胁社会的稳定；违法占地、未批先占土地的行为，破坏了法律的严肃性，影响了政治文明建设和依法治国方略的落实；非法交易土地、黑箱操作等势头越来越猛，破坏了市场经济秩序，诱发腐败的产生；有的地方政府或政府支持的“公司”强行圈地，个别地方甚至动用警力和农民发生冲突，损害了政府形象，激化了干群关系，干扰了“三个代表”重要思想的贯彻落实，也为后期开发经营带来隐患。
　　产生这种情况的原因是多方面的，一是一些地方政府的领导干部发展经济的指导思想存在偏颇。二是一些地方政府的干部法治观念淡薄。他们不是依法行政，而是不懂法、不学法，更有甚者是知法犯法。三是干部政绩考核制度存在问题。在考核地方领导干部政绩时，过分看重GDP的增速和财政收入，“数字”使干部升了官，也造成了土地资源的破坏。四是姑息纵容，查处不力是圈占土地之风愈演愈烈的重要原因。2003年以来开展的清理整顿开发区的工作，全国共立案查处土地违法案件12.8万件。这些案件中925人党纪政纪处分；132人被追究刑事责任。监察部和国土资源部2000年9号令对违法批占土地追究领导责任的要求相当严格，凡非法批准占用耕地30亩以上、其它土地50亩以上；非法占用耕地10亩以上、其它土地20亩以上，皆开除公职。我们了解到，从这个规定开始执行到现在，还没有严格按上述规定处分过一个干部。五是现行《土地管理法》对于征用土地没有把公益性和经营性用地分开，规定所有建设用地均由政府征用，使地方政府征地的权力过大过宽，缺乏限制。1999年到2003年上半年，政府违法征地的案件占所有违法征占土地案件的4％，有政府背景的大型企事业单位违法占地案件占16％，二者之和为20％，涉及违法征占土地的面积为60％。量大面广，增加了制止违法征占土地的难度。此外，《土地管理法》关于土地补偿费和安置补助费总和不得超过土地被征用前3年平均年产值30倍的规定，从现实情况看还是过低，且补偿的方式单一。由于征占土地的成本很低，促使一些人快征、早征、多征，为以后增值作土地储备。