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中医药治疗恶性肿瘤在整体观指导下辨证论治,具有切实有效、无明显副作用、经济实惠等特点,越来越受到重视.蛋白质组学是基于蛋白质分离技术、质谱鉴定技术和生物信息技术对基因所表达的全部蛋白质功能、结构、相互作用进行研究的学说,其整体性和动态性等技术特点与中医学的整体思维和辨证施治相符合.本文就近年来蛋白质组学在探究恶性肿瘤证候本质研究及揭示中医药防治作用靶点方面的应用展开综述,以期为拓展中医药防治恶性肿瘤研究提供思路.