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资金机制的构建是建立和完善中国生态补偿机制的关键。目前,生态补偿的主要资金来源是政府财政转移支付,包括以生态补偿为目标的中央对地方政府财政转移支付、地方政府对辖区内下级政府转移支付以及同级地方政府之间的横向转移支付。未来在进一步完善生态补偿财政转移支付制度的同时,有必要鼓励和引导建立以市场为基础的生态系统服务付费交易制度,包括私人交易机制、生态补偿基金和税费制度以及许可证交易制度。同时,建立高效透明的资金使用绩效评估与监督机制对生态补偿的制度建设具有重要作用。