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虽然口服避经的长期安全性已为大多数人所接受，但已有许多研究证实口服避孕药与静脉血栓形成相关。然而口服避孕药如何作用于凝血系统引起血栓目前尚不明了，近年的研究认为，有些遗传异常状态在其中起主要作用。例如：抑凝血物质（蛋白Ｃ、蛋白Ｓ、抗凝血酶－Ⅲ）缺乏、凝血因子Ｖ基因突变和凝血酶原基因突变等，特别是后两者与复方口服避孕药（ＯＣｓ）使用有强协同作用，提示携带这些遗传易感因素的妇女应采用其他避孕措施来替代