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针对数据加密系统中传输数据量大、对传输速度要求高的问题,基于PCI Express协议设计一种高速数据传输系统。系统选用PEX8311芯片实现PCI Express协议,基于PEX8311的DMA传输模式定义系统数据传输方式,选用现场可编程门阵列（Field Programmable Gate Array,FPGA）芯片实现数据加密系统的管理功能,数据加密设备通过PCI Express接口与系统主设备进行通信。实际测试结果显示,设计方案可行,且在提高系统性能方面有明显的优势。