目的：了解不同时期分离鼠伤寒沙门氏菌的基因组多态性。方法：采用solexa高通量测序技术对12株分离于1954-1980年与2018-2020年的鼠伤寒沙门氏菌标准菌株进行全基因组测序，以此进行菌株的多位点序列分型（MLST）分析；应用生物信息分析软件对测序菌株基因组的基因功能注释，并对预测的毒力基因、耐药基因、插入元件（IS）、前噬菌体和CRISPR序列进行比较分析。通过比较基因学分析拟合泛基因组和核心基因组积累曲线，与来源于其他国家已发表的代表性菌株构建系统发育分子进化树。结果：不同时期分离的12株鼠伤寒沙门氏菌的染色体全基因组序列大小无明显差异，约为4.8 Mbp。共发现5种不同MLST型别，以ST19为主（66.6%）。注释结果显示每株鼠伤寒沙门氏菌基因组含有大量（＞20个）耐药基因；同时也发现不同菌株基因组之间毒力基因、IS、前噬菌体和CRISPR序列数量不尽相同；比较基因学分析证实鼠伤寒沙门氏菌核心基因组相对稳定，而泛基因组所含基因持续增加、高度可变。系统发育进化树显示，来源不同时期和国家的15株分离菌株形成3个不同进化分支，分子进化聚类与菌株的分离年代和地域无明显相关性。结论：解析了12株不同时期分离的鼠伤寒沙门氏菌标准菌株的全基因组序列，发现不同时期分离的菌株基因组数据和分子进化无明显相关性，这些结果不仅为后续探究鼠伤寒沙门氏菌耐药机制与遗传进化规律等研究奠定基础，同时也对标准菌株监管提供科学数据支持。