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依据《财政国库管理制度改革试点方案》和《水利部财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》，水利部从2002年开始水利财政资金国库集中支付信息管理系统建设，并于2004年投入使用。系统为B／S框架结构。系统的应用，方便了国库集中支付工作，提高了财政资金运转效率，规范了国库支付行为，减轻了财务人员工作压力并节省了成本。但系统稳定运行、功能拓展、网络安全等方面有待提高。