距离上次危机已经二十年了，新的矛盾又一次累积到不可调和的地步。DC早在第一次危机的末尾，就留下了伏笔：被亚历克斯带走的Earth-2超人和至尊小超人。养兵千日用兵一时，现在这条伏线终于要出现了。
　　此时的主世界，英雄们已经偏离了正义的轨道，做出了种种并不高尚的行为：正义联盟不仅将敌人洗脑，甚至对队友蝙蝠侠也下了手；不再信任正义联盟的蝙蝠侠制造出监视卫星，却被敌人盗取；无奈之下，神奇女侠取了敌人的性命……最后导致正义联盟分崩离析。
　　这一切都被在另一空间里的亚历克斯和两个超人看在眼里。他们痛心疾首，认为自己保留了一个黑暗的世界，错误的世界。亚历克斯告诉两个超人，他有办法恢复原来的平行宇宙。Earth-2超人打破了时空障壁，来到现在的地球，试图劝诱蝙蝠侠站在他一方，未果；至尊小超人则绑架了火星猎人等一批原本属于各个不同平行宇宙的人，带到亚历克斯利用魔监的尸体所建造的时空塔上。蝙蝠侠发现摧毁正义联盟瞭望塔的正是至尊小超人。
　　至尊小超人袭击了主世界的小超人。少年泰坦全员出动来阻止他，近乎疯狂的至尊小超人大开杀戒，为了避免更大伤亡，几代闪电侠合力将他推入极速力量。
　　亚历克斯恢复了Earth-2，但Earth-2已是空无一人。超人赶来，同Earth-2超人展开激战；亚历克斯也透露了他的真实目的：他要恢复无限宇宙，以便从中创造他的“完美”世界，为此他策划了整个事件，盗取了蝙蝠侠的卫星，并伪装成卢瑟召集了所有的反派。
　　蝙蝠侠组织人马破坏了卫星，小超人也和夜翼、神奇少女一道来到时空塔。此时至尊小超人逃出了极速力量，穿上了魔监的装甲，变得更加强大。两个小超人交手，主世界的小超人摧毁时空塔，付出了生命的代价。至尊小超人则逃向欧阿星，准备再度引发宇宙大爆炸，重启历史。绿灯部队和两位超人一起前来阻止，三个超人一同穿过原氪星所在地的红色太阳，全都失去了大部分能力。至尊小超人将Earth-2超人打死，但最终被超人和绿灯部队所擒。
　　在地球上，集合起来的反派们发动总攻，同英雄们展开了混战。夜翼为保护蝙蝠侠受了重伤。蝙蝠侠在狂怒中几乎枪杀亚历克斯，被神奇女侠阻止。大战以英雄们胜利告终，逃亡中的亚历克斯遇到小丑和卢瑟，死在他们手下。
　　亚历克斯虽然没有达到最终目的，但是平行宇宙已经重现。现在的世界被称为“新地球”，又称0号地球（Earth-0），基本上和以前的设定一致，但有少许修订；算上其他的平行宇宙，共有52个平行世界，其中一些是原有的Earth-3，另一些则是苏联版超人等“异界”。世界了恢复平静。