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水体污染控制与治理科技重大专项（水专项），以三河（辽河、淮河、海河）、三湖（太湖、巢湖、滇池）、一江（松花江）、一库（三峡库区）为重点实施流域，分三个阶段（2006—2020年，共15年）予以实施。在具体实施过程中，设置了湖泊富营养化控制、河流水环境整治、城市水环境综合整治、饮用水安全保障、监控预警、环境战略与政策研究六个主题。