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描述了分子标记－数量性状基因座位（ＱＴＬ）之间重组率的矩估计法和最大似然估计法，两种方法都考虑ＱＴＬ基因型间数量性状方差的同质性和异质性，Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ模拟表明，采用最大拟然法能比矩估计法获得更为准确的重组率估计值，标记－ＱＴＬ之间的松弛连锁通常重组率及有关参数估值的偏倚有关，将ＬＯＤ值与似然比检验相结合，为重组率估值及连锁强度的相互比较提供了有效的方法。