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以母乳来源的长双歧杆菌婴儿亚种YLGB-1496为研究对象，收集5株不同批次的YLGB-1496作为目标菌株，收集8株长双歧杆菌参比菌株实物，同时收集28株长双歧杆菌婴儿亚种全基因组序列。采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry，MALDI-TOF-MS）鉴定技术和全基因组测序技术，建立了适用于YLGB-1496的菌株鉴定方法。结果表明5株YLGB-1496与模式菌株B. longum subsp. infantis ATCC 15697T的平均核苷酸一致性值均大于98％，数字DDH值均大于85%，5株不同批次来源YLGB-1496鉴定为长双歧杆菌婴儿亚种。对YLGB-1496和参比菌株的1 059个共有核心基因开展多位点序列分型分析，结果表明该菌株可与其他参比菌株有效区分。以菌株YLGB-1496-1的基因组序列为参考开展单核苷酸位点多态性分析，结果表明YLGB-1496不同来源菌株间SNP差异小于30，并且与其他参比菌株差异大于18 000，系统发育分析可以有效区分YLGB-1496与其他参比菌株。益生菌的安全性和功能性评价均在菌株水平具有特异性，研究建立的表型、基因型相结合的菌株鉴定方法可为菌株鉴定标准提供有效技术支撑，对促进益生菌在食品行业更加安全和广泛的应用具有重要意义。