文章运用能值理论和数据包络分析方法及Tobit模型系统地研究了2004—2013年中国海洋生态经济系统发展效率。结果表明:(1)可更新资源能值和经济产出能值的数量级远大于不可更新资源能值、废弃物能值、生态服务能值,可更新资源和经济产出是海洋生态经济系统的核心,海洋生态经济系统运行状态逐步趋好。(2)2004—2013年中国海洋生态经济系统能值总投入由1.84E+24sej增至2.25E+24sej,能值总产出由1.52E+24sej增至5.55E+24sej,投入产出差距呈扩大趋势。(3)2004—2013年中国海洋生态经济系统处于低效率的运转状态,但中国海洋生态经济系统发展效率整体呈上升趋势,区域间海洋生态经济系统发展效率变化呈现出两极分化特征。(4)从空间格局上看,天津、广东、海南的海洋生态经济系统综合效率低于其他地区,海洋生态经济系统技术效率以上海为界,北方地区整体海洋生态经济系统技术效率高于南方地区,海洋生态经济系统规模效率呈高低相间的分布格局。(5)从纯技术变化、纯效率变化、规模效率变化和规模技术变化对海洋生态经济系统发展效率影响上看,纯技术变化>纯效率变化>规模技术效率变化>规模效率变化,技术进步是推动海洋生态经济系统发展效率提高的主导因素,中国海洋经济可持续发展必须注重科技资源的投入。